云盖寺始建于唐朝贞观年间（六四一年），缘因该寺的上空长聚祥云，故名“云盖寺”。相传古时该寺香火之盛，冠于闽南各寺。迨至南宋高宗年间（公元一一六○年），宋大丞相梁克家因遭受朝中奸臣的陷害避难于此寺，幸免于死，故有“灵神护国”之誉，名噪一时，轰动遐迩，至今尚有脍炙人口的传说。当梁丞相获赦后临返京回朝时，就为该寺撰题：“云间活境生机畅，盖顶华胥色相空”的对联。自此慕名前来进香参拜的善男信女络绎不绝，绵延千载。云盖寺历经千年风霜，几经倒塌重修，至二十世纪六十年代遭受横劫破坏殆尽。一九九四年当地信众发动重修云盖寺。后有厦门市大观院住持果华尼师主动承担修建重任，广筹资金聘请能工巧匠精心设计施工，现已颇具规模。 

    现云盖寺占地约六十亩，一进入山顶寺前大门内，先有一大片开阔绿化的广场，前面有一个日月型的放生池，筑有拱形石桥，对面的山坡上摩崖石刻“佛”字格外显眼。寺院建筑沿山坡逐渐升高，正面依次为天王殿、钟楼、鼓楼、大雄宝殿、园通殿。左面为法堂，右面为事务楼，坡上还有功德堂、延寿堂、仙祖殿、星君殿等。天王殿内的四大天王及弥勒、韦驮佛像妙相庄严、神态逼真，大雄宝殿中的释迦牟尼、药师佛、阿弥陀佛雄伟巍峨、慈祥可亲，还有十八罗汉惟妙惟肖。云盖寺玉佛殿中的玉卧佛，长七米，重达五十多吨。圆通殿的千手千眼观音铜塑，重十几吨，高7.32米。据云盖寺主持释果华大师介绍，这尊观音像共有十一张庄严慈祥的面孔，四十二只手分别拿着如意宝珠、锡仗、铁钩、宝镜、佛书、莲花等法器宝物，最特别的是背光雕刻着无数带有眼睛的小手，制作工艺极其精致。